Neben allergischen Reaktionen (z.B. Rötungen, Juckreiz), die zum einen auf das verwendete Lokalanästhetikum zurückzuführen sind, zum anderen auch durch den Eingriff selbst verursacht werden können, sind die Risiken und Komplikationen einer Haarimplantation relativ gering. Die Entnahme der Haarstreifen sowie die Stichinzisionen führen zu einer Verletzung der Kopfhaut, die Blutungsneigung ist jedoch eher niedrig, ebenso die Möglichkeit einer Infektion. Bei Menschen mit Wundheilungsstörungen kann die Verkrustung der Kopfhaut deutlicher ausfallen, die Abheilung sich verzögern.
Die sich nach jedem Eingriff bildenden Schwellungen und Rötungen klingen in der Regel nach wenigen Tagen ab, auch Schmerzen werden nur selten beschrieben.
Eine Entnahme von Hautstreifen führt zu kleinen, länglichen Narben. Diese können in seltenen Fällen hypertrophieren (Narbe wird wulstig) oder hypotrophieren (Narbe zieht sich ein), wodurch unter Umständen eine Korrektur notwendig wird.
Ein Verlust implantierter Haare von bis zu 30 Prozent gilt als normal, dies wird bereits bei dem Eingriff mit einberechnet. Ein plötzlicher Verlust aller implantierten Haare muss nicht zwingend als Komplikation gelten. Dieser unter dem Begriff Schock-Fallout bezeichnete Prozess führt nach dem kompletten Ausfall in der Regel zu einem normalen Wachstum. Eine Abstoßungsreaktion ist, bedingt durch das autologe Material, eher nicht zu erwarten. Dies zeigt sich vermehrt bei der Implantation von Kunsthaar, weshalb diese Methode kaum mehr zum Einsatz kommt.